在《辐射4》中，学院主线循环任务主要包括以下几个步骤：
学院化
到达学院后，听到“父亲大人”的声音，进入电梯，电梯会带你来到一间房间，在这里看到了玻璃墙内的“尚恩”，但他已经完全不记得自己的母亲了。
父亲大人从后面走了进来，解释实际上他是尚恩，学院使用他的基因样本来制作合成人。尚恩现在接管了学院，并希望主角加入。
接下来，需要熟悉学院，并会现四名部门主管：贾斯汀·艾尔（回收部门副部长）、艾莉·菲尔摩（首席工程师）、克雷顿（生命科学部部长）和黎博士。与这些科学家对话后，可以获得进入学院的权限。
飞船坠落
消灭铁路势力后，学院的目标转向贪图科技的钢铁兄弟会。任务要求主角进攻波士顿机场，摧毁电磁场发生机，以便学院传送合成年人部队对敌人施以打击。
在机场，主角需要摧毁三部磁场发生机，并在摧毁过程中利用合成年人部队来协助作战。最终，摧毁所有磁场发生机后，学院将能够传送更多的合成年人过来支援。
内部任务
在主线任务“内贼”中，主角需要扫描学院的电脑网路，进入电梯，缓缓降落到学院的地下城市。在这里，主角会见到尚恩，并了解学院的秘密和他们的计划。
合成人拘留
学院要求主角找回一个叛乱的流氓合成人，型号为X6-88的合成人追猎者将协助任务。主角需要前往自由之地，找到并带回X6-88，或者通过重置密码来控制他。
碉堡山之役
父亲大人给主角另一个考验，要求重新找到从学院跑到碉堡山逃跑的合成人。在碉堡山，主角需要与追猎者和钢铁兄弟会为敌，最终根据选择不同，敌人也会有所不同。任务完成后，碉堡山成为一个居民点。
